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提取FFPE组织中的核酸时的难点

 更新时间:2023-02-07    点击量:539

使用福尔马林固定过组织,其组织中的蛋白质与核酸(DNARNA)会失去生物活性。福尔马林石蜡作为固定剂和包埋剂,将细胞保护在其中,十分影响核酸的提取,并且长时间的保存可能会使样品中的核酸发生降解

传统的方法会使用二甲苯来溶解石蜡,这种有机溶剂高度易燃,在实验过程中需要先多次使用二甲苯来溶解石蜡,之后需要多次使用乙醇来冲洗残留的二甲苯。在使用二甲苯溶解石蜡的过程中,大量的二甲苯可能会对核酸造成损伤,进一步加剧核酸的降解;在溶解与冲洗过程中,即使再仔细也难免将宝贵的组织材料冲掉;并且冲洗过程很难将二甲苯WAN全洗净,残留的二甲苯也会影响核酸的提取效果。

此外,组织的消化程度也会影响DNA的提取效率,组织不WAN全消化极大的影响DNA的提取效率。

 

总的来说,从FFPE组织中提取DNA受到以下几个因素的制约:组织材料有限且长时间保存导致DNA受损,产量降低;使用福尔马林浸泡组织,导致不可逆的DNA交联,这部分DNA已无法进行扩增。

Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit(货号56404)技术原理

Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit(货号56404)可以成功克服影响FFPRE DNA提取质量的因素,从而得到高质量DNA

QIAamp DNA FFPE Tissue Kit使用成熟的QIAamp MinElute技术,从小体积样本中纯化基因组DNA和线粒体DNA。该试剂盒同时具备硅胶膜选择性结合DNA的特性,以及20 µl100 µl的灵活洗脱体积。

经专门优化的裂解条件,无需过夜温育即可从福尔马林固定、石蜡包埋组织中高效纯化基因组DNA。蛋白酶K消化后在较高的温度温育,部分去除游离DNA的福尔马林交联,提高DNA产量和纯度,更适用于下游应用。需要注意的是,从福尔马林固定、石蜡包埋样本中分离的DNA分子量通常低于新鲜或冷冻样本中的DNADNA片段化的程度取决于样本类型、储存时间以及固定的条件。

使用Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit(货号56404)提取的高质量DNA可以直接应用于多个下游反应。如单核苷酸多态性(SNP)、短串联重复序列(STR)基因分型和药物基因组学研究,也可用于PCR

Qiagen QIAamp DNA FFPE Tissue Kit(货号56404)的优点:

1. 流程简单

2.最快仅30分钟即可得到高纯DNA

3.特别适用于同时处理多个样本。

4. 从小体积样本中纯化基因组DNA和线粒体DNA


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